靶向蛋白組學研究直腸癌生物靶標

關(guān)鍵詞：靶向蛋白組學,MRM,蛋白質(zhì)組學,代謝組學,tmt,抗體測序,itraq,蛋白質(zhì)譜鑒定,蛋白質(zhì)組學,代謝組學,tmt,抗體測序,itraq,蛋白質(zhì)譜鑒定,蛋白質(zhì)組學,代謝組學,tmt,抗體測序,itraq,蛋白質(zhì)譜鑒定"

直腸癌（colorectal cancer）是人類常見的惡性腫瘤之一。在西方發(fā)達國家其發(fā)病率位居惡性腫瘤的第二位。生物靶標的研究對于直腸癌的治療有著重要意義。在過去幾十年的許多研究中已經(jīng)揭示了許多潛在的直腸癌生物靶標，卻缺乏對血液中生物靶標的研究。這篇文章就使用靶向蛋白組學研究的手段針對血液中的直腸癌靶標進行大規(guī)模研究，為直腸癌早起診斷提供重要依據(jù)。

關(guān)鍵詞：靶向蛋白組學、SRM、生物標志物

靶向蛋白組學研究直腸癌生物靶標－百泰派克生物

of putative colorectal cancer biomarker candidates in serum extracellular vesicles by targeted proteomics

Scientific Reports －06 October 2017

研究方法

靶向蛋白組學 Targeted proteomics－SRM

研究結(jié)果

1-. 作者通過在Pubmed中輸入cancer＋colorectal＋expression搜索在2003年到2014年間報道過的直腸癌（CRC）的潛在生物標志物。這些標志物通過以下標準進行確定：通過western blot，Elisa等方法確認在CRC中表達有差異的蛋白；或通過iRNA相關(guān)實驗確認與CRC疾病發(fā)展相關(guān)；以及通過大規(guī)模組學鑒定法發(fā)現(xiàn)的潛在生物靶點。由于血清中的蛋白眾多，蛋白豐度差異大，直接對血清中的靶標進行全面研究難度較大，作者選用了血清中的extracellular vesicles（EVs）組分進行研究。并且制定了一下的鑒定CRC靶標的策略：先使用shotgun proteomics鑒定EVs中的所有蛋白。再從中選出CRC的潛在生物靶點，使用SRM對這些潛在靶點做定向研究，從而確認其中真實可靠的CRC生物靶點。

2. 制定鑒定策略后，作者提取了血清和CRC細胞的EVs，并使用了shotgun proteomics鑒定技術(shù)分別對這兩個組分的所有蛋白進行鑒定。鑒定結(jié)果（圖b－韋恩圖）分別標明了血清、CRC細胞的EVs組分的所有蛋白和文獻搜索的潛在CRC生物靶標的種類，以及各自相交重復的數(shù)量。血清、CRC的EVs組分蛋白與文獻搜索的潛在CRC靶標的相交部分（下圖紅色加粗字體）即為EVs組分中的潛在生物靶點。

3.作者使用SRM靶向蛋白組學的研究手段對以上確認的潛在生物靶點進行了鑒定（鑒定的步驟包括靶向肽段的選取，SRM對靶向肽段的鑒定，靶向蛋白分析）。作者選取了正常人，非轉(zhuǎn)移的CRC病人，轉(zhuǎn)移的CRC病人的血清樣品，分別提取EVs，再使用SRM進行鑒定。下圖顯示了部分靶向肽段在三個樣品中的含量，由此反映三個樣品中各項生物靶標的表達水平。其中對比對照組是否具有顯著性差異也在圖中進行了標注（*p?